翔直人、馬場一平、井上ゆかは、桜が丘中学校に通う中学2年生。両親がインテリア店を営む一平の家の地下に、3人だけの秘密基地を作っている。彼らは中古パーツを集めて組み上げたコンピュータジャンクを中心に、研究と開発の日々に明け暮れていた。藤堂武史も直人たちのクラスメートだが、陰気な性格で友達がおらず、両親も出張で家を空けているせいで、孤独なコンピュータオタクとなり自室にこもってばかりいた。
ある日の朝、直人の弟の大地が盲腸でゆかの家の病院に運び込まれた。それと同日、ゆかにラブレターを渡そうとして断られたと思い込んだ武史は、コンピュータを利用して復讐を企てる。
武史が憂さ晴らしにハッキング・プログラム「怪物ギラルスの拷問屋敷」で井上病院の医療用コンピュータに侵入し、いたずらを仕掛けていたその時、魔王カーンデジファーが武史のコンピュータ内に現れた。カーンデジファーはハイパーワールドと呼ばれる異世界から逃亡してきた次元犯罪者で、武史の憎悪の感情に呼応して怪獣を作らせ、機械の中の世界コンピュータ・ワールドに送り込むことで現実世界を破壊・征服しようとする。
カーンデジファーの手で実体化したギラルスが引き起こす異常現象に巻き込まれる直人たち。その時、一平がジャンクの中で描いていたCGグリッドマンに、カーンデジファーを追って地球にやってきたハイパーエージェントが乗り移り電光超人となった。直人はグリッドマンと合体し、世界を守ることを決意する。
※Wikipediaから引用
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